Aunque existen varios sistemas que permiten identificar con precisión los distintos ambientes naturales (los hay basados en el clima, suelo, vegetación y geografía), en esta guía utilizamos una clasificación simple que describe con claridad cinco ambientes según los paisajes y climas que habitan las aves y mamíferos.

La «puna» es el piso más elevado en el Manu. Son extensos territorios sobre la cordillera de los andes, a más de 3,500 m.s.n.m, en su mayoría de suave relieve, donde predomina el ichu (Stipa ichu), un pasto amarillento de aspecto áspero y puntiagudo que crece en matas densas cubriendo la mayor parte de la superficie. A estas alturas el aire es seco y frío, la radiación intensa y los vientos fuertes. La temperatura varía entre —9° y 22° C según la hora del día y la época del año. De acuerdo a esto, la precipitación se presenta en forma de lluvia o granizo. En esta zona se encuentra el puesto de vigilancia de Acjanacu, de donde se inicia la Trocha Unión y muy cerca la Trocha Ericson.

Descendiendo por las empinadas laderas, la puna empieza a poblarse de arbustos y matorrales que crecen entre grandes afloramientos de roca y suelo pedregoso. Este es el «matorral boscoso», donde las ramas quedan cubiertas con una densa capa de líquenes de aspecto fibroso, a manera de césped. El clima aún es frío y seco, con temperaturas que alcanzan los 0° C en invierno y poco más de 10° C en verano. En esta parte los vientos son fuertes y las lluvias frecuentes entre noviembre y abril. En esta zona está Pillahuata, donde tras siete kilómetros de recorrido termina la Trocha Ericson. Un poco más abajo se encuentra la localidad de Buenos Aires, un lugar difícil de identificar pues durante casi todo el recorrido la carretera está limitada por bosque muy tupido.

El «bosque montano bajo» es un piso intermedio, con características compartidas con los bosques nublados. Sin

embargo, define un ambiente muy particular para varias especies de aves. Se extiende aproximadamente entre los 2.200 y 2,700 m.s.n.m, el clima es frío y con frecuencia la neblina humedece estos bosques. En esta zona abundan las altas y delgadas cascadas, aparecen los primeros helechos arbóreos y los árboles alcanzan los 25 metros de altura.

El «bosque nublado» se extiende aproximadamente entre los 650 y 2,000 m.s.n.m. Estas tierras se caracterizan por un marcado dominio de la neblina, casi constante y tan densa que en ocasiones impide del todo la visión. A su paso, la neblina moja toda superficie por pequeña que sea. Este fenómeno hace del bosque nublado un lugar privilegiado para muchas epifitas, entre ellas varias especies de orquídeas. La temperatura, según la época del año, varía entre los 16° y 25° C. El agua desciende formando pequeñas cascadas y riachuelos que desembocan en el río Kcosñipata. Aquí, sobre la carretera, en el lugar llamado «El Mirador», termina la Trocha Unión, cuyo exigente recorrido puede tomar dos días. A pocos minutos se encuentra San Pedro, un lugar que cuenta con cómodas instalaciones para visitantes.

El bosque húmedo tropical o también llamado «selva baja» se extiende entre los 300 y 650 m.s.n.m. Este es el paisaje más extenso en los territorios del Manu. Las neblinas han quedado atrás y el aire se percibe caliente y húmedo. Durante el día la

temperatura media es de 25° C, pudiendo alcanzar los 36° C entre agosto y septiembre y 18° C por la noche. Aquí, sobre el terreno casi plano, el río Manu avanza lento y serpenteante formando curvas muy cerradas conocidas como meandros. Estos bosques destacan por los gigantescos árboles que en ocasiones superan los 60 m de altura. En el límite superior de esta zona están el poblado de Pillcopata, el embarcadero de Atalaya y un poco más abajo, el poblado de Salvación. En la parte baja, en la confluencia de los ríos Alto Madre de Dios y Manu, se encuentra el poblado de Boca Manu y continuando por el río Manu los puestos de vigilancia Limonal y Paquitza.